Bruno, o protagonista da história, é uma criança de nove anos. O seu pai, um alto dignitário nazi, é o comandante do campo de concentração de Auschwitz durante a ocupação alemã da Polónia. Um dia a família troca a casa de Berlim por outra «num lugar vazio e desolado onde não se viam outras casas por perto, o que significava que não havia outras famílias, nem rapazes para brincar».
Uma vez instalado em Auschwitz sem a companhia dos amigos Karl, Daniel e Martin, o que Bruno observa da janela do seu quarto deixa-o confuso: vê uma vedação e, para lá dela, centenas de pessoas com pijamas listrados: «Havia rapazes, pequenos e grandes, e também pais e avós. Se calhar, alguns tios também. E pessoas daquelas que vivem sozinhas por aí e que parecem não ter família». Decididamente, Bruno não percebe. Menos ainda quando o pai lhe diz que «Essas pessoas... bem, nem sequer são pessoas (...) no modo em que nós entendemos o termo». Nessa altura ocorreu-lhe que não sabia o que o pai fazia. Desconfia que seja importante, senão o Fúria - precisamente Adolf Hitler - não teria jantado em casa deles.
Um dia Bruno vai até à vedação e encontra Shmuel, o rapazinho judeu de quem se torna amigo. Ao longo de vários encontros, Shmuel fala de coisas aparentemente ilógicas, como o inesperado desaparecimento do pai... Do lado de cá, Bruno, cada vez mais desorientado com uma sucessão de revelações inquietantes, tenta perceber o que escondem as meias - verdades do seu quotidiano...
